Jonathan Kelly a commencé à jouer du hautbois pendant son enfance et a étudié l’histoire à l’université de Cambridge avant de se consacrer à la musique lors de ses études à la Royal Academy of Music de Londres avec Celia Nicklin, puis au CNSM de Paris avec Maurice Bourgue.

Dès la fin de ses études, Jonathan est nommé hautboïste soliste de l’orchestre de la ville de Birmingham. Il occupe ce poste pendant dix ans, se produisant en tant que soliste avec le CBSO à de nombreuses occasions, et en tant qu’invité régulier de l’Orchestre de chambre d’Europe.

En 2003, Jonathan réalise son rêve de jeunesse en obtenant le poste de hautbois solo au sein du Berliner Philharmoniker. Depuis, il se produit en tant que soliste et donne des masterclasses dans le monde entier. Il est très actif dans la musique de chambre, tant avec ses collègues de l’orchestre, par exemple dans les Bläser der Berliner Philharmoniker, qu’avec des solistes internationaux invités.

Il participe régulièrement au festival de Zermatt avec le Scharoun Ensemble Berlin et il est membre de l’ensemble de renommée mondiale, Wien-Berlin. Il se produit également en tant que soliste lors de tournées internationales avec le Berliner Barock Solisten.

Jonathan a enseigné pendant de nombreuses années à la Hochschule für Musik Berlin « Hanns Eisler » et à l’Akademie Karajan du Berliner Philharmoniker. Un grand nombre de ses élèves a remporté des concours internationaux prestigieux et des postes au sein d’orchestres de premier plan. Il est professeur invité à la Royal Academy of Music de Londres, dont il est membre. 

Jonathan participe en tant qu’interprète et professeur au Pacific Music Festival au Japon.